Wegen ihrer außergewöhnlichen Bedeutung wurden die Höhlen von Škocjan 1986 in die UNESCO-Liste des Natur- und Kulturerbes der Welt aufgenommen. Damit hat die internationale Wissenschaft die Bedeutung der Höhlen als einen der Naturschätze unseres Planeten anerkannt.
Die Höhlen von Škocjan zählen zu den bedeutendsten Höhlen der Welt und sind das wichtigste unterirdische Phänomen im Karst und in ganz Slowenien.
Seit Urzeiten zieht die Schlucht, in der der Fluss Reka unter der Erde verschwindet, die Menschen ebenso an wie die geheimnisvollen Höhleneingänge. Die Reka versinkt unter einer Felswand, auf deren Höhe das Dorf Škocjan liegt, nach dem die Höhlen benannt sind.
Archäologische Forschungen haben gezeigt, dass Menschen in den Höhlen und ihrer Umgebung schon in prähistorischer Zeit lebten – von der Mittel- und Jungsteinzeit über Bronze- und Eisenzeit, Antike und Mittelalter bis heute, insgesamt seit mehr als 5.000 Jahren. Die Funde belegen, dass die Höhlen von Škocjan in prähistorischer Zeit nicht nur lokale, sondern regionale Bedeutung hatten. Im 19. Jahrhundert begann hier die bahnbrechende Erforschung des Karsts und der Karstphänomene. Die internationalen Fachbegriffe „Karst“ und „Doline“ stammen von hier.
Die Einsturzdolinen und ihre Umgebung sind Lebensraum seltener und gefährdeter Vögel und mehrerer Fledermausarten. Dank besonderer geomorphologischer und mikroklimatischer Bedingungen hat sich hier ein außergewöhnliches Ökosystem entwickelt, in dem mediterrane, submediterrane, mitteleuropäische, illyrische und alpine biogeografische Elemente nebeneinander bestehen. Im unterirdischen System der Reka hat sich eine seltene Höhlenfauna erhalten.